Gradnja mrtvačnice započela je, nakon dugih rasprava, 1883. godine. Valja se spomenuti činjenice da je u to doba običaj bio položiti pokojnika kod kuće na odar te se je stoga u u svaku u rečenicu u kojoj je spominjana mrtvačnica dodavao rečenični sklop "za polaganje mrtvacah na odar". Gradnja je dovršena 5. travnja 1886. godine.
Tijekom gradnje usvojen je (u prosincu 1885. godine) "Naredbenik za obću mrtvačnicu u Mirogoju i pogrebni red". Tada je, zbog još duboko ukorijenjenih običaja od ispraćaju iz kuće pokojnika, bilo nemoguće uvrstiti u taj dokument odredbu o obveznom polaganju na odar u mrtvačnici. Stoga je istaknuto "da se svatko može, ali ne mora, položiti na odar u mrtvačnici. Samo iz zdravstveno-redarstvenih obzirah može Gradsko poglavarstvo narediti takav postupak, a to vrijedi onda ako je pokojnik umro od priljepčive ili kožne bolesti" ili ako je živio u tijesnom ili prenapučenom stanu u kojem nije mogao ostati do sprovoda. Kroz mrtvačnicu su morali proći i oni nad kojima je iz bilo kojih razloga trebala biti izvršena obdukcija. Po prvi puta uvedene su odredbe prema kojima je definiran prijenos mrtvaca, način ispraćaja, prijevoza do mjesta ukopa, kao i broj sprovoda (tada jednom dnevno!!!).
Na taj se način nastojalo uvesti više reda jer je provedbu ovih odredbi jamčila obveza prijave smrti Župnom uredu i Gradskom poglavarstvu. Evidenciju je vodio Župni ured, a "Matici umrvših" prilagani su i nalazi mrtvozornika kao i izjava sa željom pokojnika o načinu ukopa.
Prvi pokojnik koji je ležao u mrtvačnici bio je gosp. Ivan Mischinger 15. siječnja 1886. godine.
PROMETNE VEZE S MIROGOJEM
Na Mirogoj se uglavnom išlo pješice - imućniji građani bi za tu priliku koristili fijaker. Naime, tramvajem s konjskom zapregom koji je prometovao Zagrebom od 1811. godine nije bilo mogućnosti dovesti se do "grada mrtvih" zbog strmine Mirogojske ceste (tadašnjeg Gajevog obronka). Uvođenjem tramvaja na električni pogon 1910. godine odmah su položene tračnice Bakačevom ulicom, preko Kaptola i Nove vesi na Mirogoj. Godine 1931. ukinuta je izravna pruga do Mirogoja i uvedeno presjedanje na Gubčevoj zvijezdi do koje se dolazilo novom prugom preko ulice Medveščak. Tramvaj je na Mirogoj vozio bez prekida do 1954. godine kada se dogodila teška prometna nesreća nakon koje je pruga bila ukinuta gotovo 10 godina. U cijelosti je obnovljena i osigurana, međutim, osim pokusnih vožnji nije više proradila za putnički promet te na nju danas još jedino podsjećaju stupovi nosači električne mreže.
ZAKLADE
Kao što je uočljivo, za potrebe i oko Mirogoja niknula je čitava šuma propisa koji su predstavljali zapravo neku vrstu grobnog prava. Postojao je tako Statut groblja, Naredbenik za mrtvačnicu, posebne propise o zakladama. Svi su se ti propisi povremeno mijenjali. Posebno su zanimljivi brojni propisi o zakladama.
Postojale su tako među ostalim zaklade za siromašne, za škole, za samostane, za propovjednike, za bolnice, za uzdržavanje bolničkih sluškinja, pa čak i zaklada za uzdržavanje "ure na tornju sv. Marka". Godine 1885. bile su u Zagrebu 42 zaklade pod upravom Gradskog poglavarstva, a glavnica je bila uistinu impozantna i iznosila je 126381 forintu. Za usporedbu je dovoljno dati podatak da je graditelj Bollé za sve radove koje je obavio u crkvi sv. Marka dobio 1000 forinti.
Na Mirogoj se trošila imovina Zaklada skupnog groblja na Mirogoju, Zaklada za gradnju kapele, Zaklada za uzdržavanje grobova i Zaklada za uzdržavanje arkada.
Zanimljivo je da je glavnica tih zaklada stalno rasla, a broj zakladnica nije se bitno smanjivao čak niti u vrijeme najčešće ekonomske krize. Imovina im se povećavala gotovo svakodnevno. Postojale su sve do drugog svjetskog rata.
Početkom 1889. godine izrađen je dokument kojim se reguliraju odnosi groblja i korisnika. Po prvi puta su određeni troškovi za pojedine vrste usluga, ali, što je bitno naglasiti, i način na koji će se te usluge obaviti. Dokument je bio prilično konfuzan, no, ipak, u njemu je razrađen cjenik grobnih usluga. Za svaku od pojedinih usluga valjalo je platiti određenu glavnicu koja je svaka za sebe predstavljala neku vrstu zaklade. Glavnice su se uplaćivale za račun Grobne zaklade u gradsku blagajnu. Čista se glavnica nikada nije trošila već se trošila kamata. Ukoliko je nastao katkada kakav višak, trošio se redovito na zajedničke troškove održavanja groblja, tj. "za obćenite svrhe uzdržavanja i poljepšavanja mirogojskoga perivoja".
Premda je o glavnicama izrečeno da će trajati sve dok traje i Mirogoj, ipak nije došlo do toga. Kao što je poznato, glavnice su propale, groblje još postoji, a održavanje grobova do danas nije riješeno na zadovoljavajući način.
ŠIRENJE MIROGOJA
Posljednja dva desetljeća 19. stoljeća moguće je nazvati zlatnim dobom mirogojske gradnje. Groblje se stalno širili i taj proces nije bilo moguće zaustaviti, ali je bilo bitno usporeno zbog brojnih sporova. Naime, gradsko je poglavarstvo nastojalo, što je više moguće, spustiti cijene, praktički na neku simboliku. Najveće probleme je gradskom poglavarstvu činio upravo Prvostolni kaptol koji je imao najviše zemlje potrebne za širenje Mirogoja i koji je radije pristajao na zamjenu posjeda nego na otkup zemljišta. Bilo je, dakako, i onih građana koji su i nudili svoju zemlju kako bi se domogli makar i manje svote novca. Mirogoj se tako širio sve dok nije dostigao današnju površinu.
GRADNJA SREDIŠNJEG DIJELA ARKADA I KAPELE
Neispunjena želja graditelja Bolléa bila je ostvariti središnji spoj južnih i sjevernih arkada (portale i kapelu) nakon završetka svih radova na arkadama kao krunu svoga pothvata. Godine 1914. bio je izrađen nacrt portala velikih razmjera, no u ratnim i poratnim godinama nije bilo sredstava za izvedbu takvih zamisli. Bollé se nadao da će doći do ostvarenja njegovih zamisli. Došlo je, ali ih nije dočekao - gradnja je završena 1. studenog 1929. godine, a veliki je majstor umro 17. travnja 1926. godine. Valja zabilježiti da je od samog pismenog obećanja Gradskog poglavarstva Nadbiskupskom stolu pa do izvedbe kapele prošlo punih 53 godine, pri čemu je razlog bio uvijek isti - nedostatak novca. S obzirom da je glavnica koja je teškom mukom prikupljana u ratu propala, načelnik Heinzel povlači jedan, za ondašnje prilike napredan komercijalni potez - namiče potrebna sredstva utrškom budućih grobnica u crkvenoj kripti. Radove nadzire bliski Bolléov suradnik, graditelj Rauscher.